Junto con las lineas de investigación el Programa de Doctorado de Historia y Artes cuenta con varios grupos de investigación:
DIPLOMATARIO DEL REINO DE GRANADA (HUM-243)
EDICIÓN Y ESTUDIO DE FUENTES ESCRITAS MEDIEVALES Y MODERNAS (HUM-596)
NOTARIADO Y DOCUMENTACIÓN NOTARIAL EN ANDALUCÍA (HUM-2554)
LABORATORIO DE ARQUEOLOGÍA Y ARQUITECTURA (HUM-104)
PODERES, ESPACIOS Y SOCIEDAD EN LA CIUDAD MEDIEVAL (HUM-730)
TOPONIMIA, HISTORIA Y ARQUEOLOGÍA DEL REINO DE GRANADA (HUM-162)
PAGANOS, JUDÍOS Y CRISTIANOS EN LA ANTIGÜEDAD (HUM-178)
ARQUEOLOGÍA E HISTORIA DE LA HISPANIA MERIDIONAL EN ÉPOCA ROMANA Y VISIGODA (HUM-215)
DEPORTE Y OLIMPISMO EN EL MUNDO ANTIGUO (HUM-865)
CINE Y LETRAS. ESTUDIOS TRANSDISCIPLINARES SOBRE EL ARTE CINEMATOGRÁFICO (HUM-870)
GRUPO DE ESTUDIOS DE LA PREHISTORIA RECIENTE DE ANDALUCÍA (HUM-274)
EL POBLAMIENTO DE LA CUENCA ALTA DEL GENIL DESDE LA PREHISTORIA A LA ROMANIZACIÓN (HUM-143)
GESTIÓN E INVESTIGACIÓN DEL PATRIMONIO ARQUEOLÓGICO (HUM-798)
CULTURA MATERIAL E IDENTIDAD SOCIAL EN LA PREHISTORIA RECIENTE DEL SUR DE LA PENÍNSULA IBÉRICA (HUM-065)
ARQUEOLOGÍA CLÁSICA Y ANTIGÜEDAD TARDÍA EN ANDALUCÍA ORIENTAL, JUNTA DE ANDALUCÍA,
UNIVERSIDAD DE GRANADA (HUM-296)
NUEVOS MATERIALES PARA EL ARTE CONTEMPORÁNEO (HUM-611)
METODOLOGÍA Y DOCUMENTACIÓN PARA EL ESTUDIO DEL PATRIMONIO ARTÍSTICO DE ANDALUCÍA (HUM-286)
HISTORIA DE LA CIENCIA (HUM-773)
ANDALUCÍA ORIENTAL Y SU RELACIÓN CON AMÉRICA EN LA EDAD MODERNA (HUM-149)
EDICIÓN Y ESTUDIO DE FUENTES ESCRITAS MEDIEVALES Y MODERNAS (HUM-569)