El programa de doctorado cuenta con las siguientes líneas de investigación:
1. FARMACOLOGÍA CLÍNICA
2. EPIDEMIOLOGÍA Y SALUD PÚBLICA
3. NEUROCIENCIAS CLÍNICAS Y DOLOR
4. FISIOPATOLOGÍA DE LAS ENFERMEDADES MÉDICO-QUIRÚRGICAS
5. AGENTES INFECCIOSOS RELACIONADOS CON LOS PROCESOS CLÍNICOS
6. RADIOLOGÍA Y MEDICINA FÍSICA
7. INVESTIGACIÓN EN ODONTOLOGÍA CLÍNICA